Mongoose - find():objekt uvnitř možností vyhledávání nefunguje

Vzhledem k tomu, že ve svém seznamu schématu používáte elipsu, je docela pravděpodobné, že existuje více vlastností než isDeleted pod metadata vlastnictví. Takže váš objekt by měl být:

var searchOptions = { "metadata.isDeleted": false } };

Důvodem je, že jinak dotaz hledá dokument s "přesně" a "pouze" vlastnostmi uvedenými v metadata klíč:

var searchOptions = { metadata: { isDeleted: false } };

A když tomu tak není, pak samozřejmě neexistuje žádná shoda.