Pokud používáte MongoDB 4.2, můžete ve svém prohlášení o aktualizaci použít operátory agregace, například:
.findOneAndUpdate({_id: day.id},[{$set:{present:{$eq:[false,"$present"]}}}]);
Tím nastavíte present na true, pokud je nepravda, a na false, pokud je jakákoli jiná hodnota.