Můžete použít $
poziční operátor k identifikaci prvního prvku pole, který odpovídá dotazu v aktualizaci takto:
db.VariantEntries.update({
"pos": 17060409,
"sampleID": "Job1373964150558382243283",
"information.name":"Category"
},{
$set:{'information.$.value':'11'}
})