Odpověď na mou vlastní otázku!
Zdálo se, že se s varnou instalací MongoDB děje něco praštěného. Ruční přeinstalace z http://docs. mongodb.org/manual/tutorial/install-mongodb-on-os-x/ a pak obnovení mé zálohované databáze vypadalo, že stačí.
Stále bych rád věděl z kódového/technického hlediska, proč se moje prostředí najednou rozhodlo začít vracet 12bajtové BSON ObjectID spíše než Hexadecimal ObjectID... ale do té doby doufám, že jednoduchá ruční přeinstalace pomůže ostatním kteří narazí na tento podivný problém!