Řešil jsem stejný problém.
Otevřel jsem nádobu a zjistil, že složka zobrazení je zakopaná a další složka hlouběji, než jsme čekali. Mělo by to fungovat dostatečně dlouho, dokud to neopraví v další verzi.
Rychlé řešení, které pro mě fungovalo:
#extract folder
jar xfv logstash-1.1.11.dev-flatjar.jar logstash/web/views
#move files around
cp -r logstash/web/views/views/ logstash/web/
rm -rf logstash/web/views/views
# push files in jar
jar uvf logstash-1.1.11.dev-flatjar.jar logstash/web/views/