Chcete-li tyto vlastnosti ze stávajícího dokumentu odstranit, nastavte je na undefined místo null před uložením dokumentu:
user.first_name = undefined;
user.signup_date = undefined;
user.save();
Potvrzeno, že stále funguje v Mongoose 5.9.7. Všimněte si, že pole, které se pokoušíte odstranit, musí být stále definováno ve vašem schématu, aby to fungovalo.