Zjistil jsem, že v konfiguračním souboru phpMyAdmin jsem měl následující nastavení vložené od kdo ví, jakou předchozí opravu výkonu jsem provedl.
$cfg['MaxExactCount'] = 0
Toto zakázalo opravu odhadů InnoDB. Tento řádek jsem okomentoval a problém se samozřejmě vyřešil