Jen poznámka, pokud někdo řeší podobné problémy:
Měl jsem podobný problém --- Vložit dotaz funguje na PHPMyAdmin, ale nefunguje na PHP a nevydává žádné chyby (výsledek byl pravda pořád).
Důvodem je, že jsem zahajoval transakci, ale zapomněl jsem ji potvrdit...
$mysqli->autocommit(FALSE);
$mysqli->query( "START TRANSACTION" );
Nikdy nezapomeňte:
$mysqli->commit();
Je to hloupá chyba, já vím, ale tak jsem se soustředil na záhadu dotazů, že jsem o pár řádků výše zapomněl výpisy transakcí.