Zvyšte limit paměti php a čas skriptu, protože spouštíte instrukci mysql přes php server.
Zkontrolujte, zda váš soubor php.ini obsahuje tyto vars:
memory_limit
max_execution_time
Ale stejně bych to udělal přes mysql klienta (terminál), zkontrolujte mysql doc
LOAD DATA LOCAL INFILE '/path/to/your/csv/file/csv_file.csv' INTO TABLE database_name.table_name FIELDS TERMINATED BY ',' ENCLOSED BY '"' LINES TERMINATED BY '\n';
Dokumentace Mysql – syntaxe načtení datového vloženého souboru Dokumentace PHP – nastavení jádra Ini