Jakýkoli další software, který přidáte do systému, zvyšuje složitost. Složitost je nepřítelem bezpečnosti.
Webové aplikace PHP jsou proslulé nedbalým kódováním a phpMyAdmin má jistě více než svůj podíl bezpečnostních děr v minulosti. Škody jistě můžete zmírnit např. nasazením HTTPS s klientským certifikátem, ale to nezabrání útokům cross-site-request-forgery.
U produkčního stroje bych se opravdu raději držel konzole.