Existuje záplata pro phpMyAdmin, který poskytuje konfigurovatelné protokolování pouze s několika jednoduchými úpravami kódu.
Udělali jsme to v mé práci a pak jsem to dále vylepšil, abych se přihlašoval do složek po dnech, protokoloval IP adresy a pár dalších věcí a funguje to skvěle.
Děkuji @Unreason za odkaz, nemůžu si vzpomenout, kde jsem ho našel.