Konečně jsem to našel.
Po upgradu na MySQL 5.6 se zjevně vyskytly nějaké problémy s nekompatibilitou.
Chcete-li tyto problémy zkontrolovat a opravit, budete muset provést upgrade MySQL.
Stačí na terminálu spustit následující:
mysql_upgrade -u root -p
Zadejte své heslo a počkejte na dokončení aktualizace.
Tím jsem problém vyřešil.