Zde je odpověď pro případ, že by někdo stránku vyhledal a našel.
Chyba byla způsobena starými daty v mezipaměti prohlížeče a v souborech cookie. Vyčistil jsem mezipaměť prohlížeče, smazal všechny soubory cookie domény a soubory cookie relací a zmizelo to.
V konfiguraci pokročilých funkcí jsem narazil na hroznou chybu:
Skripty sestavovací tabulky vyžadují vytvoření tabulek ve tvaru "pma__tablename", zatímco konfigurační skript chce načíst tabulky ve tvaru "pma_tablename". Rozdíl není hned patrný, ale skript SQL souboru sestavení má dvě podtržítka. PhpMyAdmin by si stěžoval, že tabulka již existuje, a nesestaví tabulku. Dohnalo mě to k šílenství, dokud jsem nenašel příspěvek v tomto smyslu.
Vyhledal jsem "pma__" a nahradil jsem vše "pma_" a spustil skript sestavování tabulek a vše se usadilo.
PhpMyAdmin 4.3.6 nyní na mém lokálním systému běží hladce.
Omlouvám se za falešný poplach, ale chybová zpráva mě poslala špatným směrem.