Sám jsem dnes po aktualizaci na 4.6.0 narazil na to samé, problém jsem vyřešil tak, že jsem smazal obsah adresáře phpmyadmin kromě konfiguračního souboru (config.inc.php v rootu). Jakmile to bylo hotovo, znovu jsem nahrál verzi 4.5.4, kterou lze získat zde https://github .com/phpmyadmin/phpmyadmin/tree/MAINT_4_5_4 stačí kliknout na download zip v pravém horním rohu a to je mimochodem jejich oficiální repo.
