Pro ubuntu (použil jsem ubuntu 12.04) lze výchozí konfiguraci phpmyadmin apache nalézt na /etc/phpmyadmin/apache.conf
Můžete jej otevřít zadáním sudo nano /etc/phpmyadmin/apache.conf a změňte třetí
Alias /yournewalias /usr/share/phpmyadmin
Nezapomeňte restartovat službu apache,
sudo service apache2 restart