Databáze SQL Server používají dva soubory – soubor MDF, známý jako primární databázový soubor, který obsahuje schéma a data, a soubor LDF, který obsahuje protokoly. Viz wikipedie. Databáze může také používat sekundární databázový soubor, který normálně používá příponu .ndf.
Jak uvádí John S., tyto přípony souborů jsou čistě konvence – můžete použít, co chcete, i když mě nenapadá dobrý důvod, proč to udělat.
Více informací o MSDN zde a v Beginning SQL Server 2005 Administation (Google Books) zde.