Nejprve mapujte složené klíče pomocí kódu EF

Rozhodně musíte zadat pořadí sloupců, jinak jak má SQL Server vědět, který z nich je první? Zde je to, co byste ve svém kódu museli udělat:

public class MyTable
{
  [Key, Column(Order = 0)]
  public string SomeId { get; set; }

  [Key, Column(Order = 1)]
  public int OtherId { get; set; }
}

Můžete se také podívat na tuto otázku SO. Pokud chcete oficiální dokumentaci, doporučil bych se podívat na oficiální stránky EF. Doufám, že to pomůže.

EDIT:Právě jsem našel blogový příspěvek od Julie Lerman s odkazy na všechny druhy dobrot EF 6. Zde najdete vše, co potřebujete.