Opravdu záleží na tom, jak se chystáte ke stromu přistupovat.
Jednou chytrou technikou je dát každému uzlu ID řetězce, kde ID rodiče je předvídatelný podřetězec potomka. Rodič může být například '01' a potomci budou '0100', '0101', '0102' atd. Tímto způsobem můžete vybrat celý podstrom z databáze najednou pomocí:
SELECT * FROM treedata WHERE id LIKE '0101%';
Protože je kritériem počáteční podřetězec, index ve sloupci ID by urychlil dotaz.