Podívejte se na prezentaci Představujeme SQL Server Express Local DB Runtime – poskytuje skvělý přehled.
Obrovská výhoda LocalDB spočívá v tom, že je to skutečný SQL Server – je to speciální verze SQL Server Express, ale v zásadě podporuje vše, co má „skutečný“ SQL Server – typy prostorových dat, uložené procedury – na co si vzpomenete.
SQL Server Compact Edition je na druhou stranu velmi zmenšená verze – mnoho funkcí a datových typů není podporováno. Je menší a „hbitější“ – ale chybí mu hodně údernosti.
Osobně bych zvolil SQL Server Express s runtime LocalDB přes SQL Server CE 4 – pokud konkrétně nepotřebujete malou velikost SQL Server CE (např. na mobilním zařízení).
Podívejte se také na srovnání mezi SQL Server CE 3.5, CE 4.0, SQL Server Express 2008 R2 a SQL Server 2012 Express LocalDB na skvělém Všechno SQL Server Compact ErikEJ webové stránky.