Entity Framework 6 GUID jako primární klíč:Nelze vložit hodnotu NULL do sloupce 'Id', sloupec tabulky 'FileStore' nepovoluje hodnoty null

Kromě přidání těchto atributů do sloupce ID:

[Key]
[DatabaseGenerated(DatabaseGeneratedOption.Identity)]
public Guid Id { get; set; }

při migraci byste měli změnit CreateTable přidat defaultValueSQL vlastnost do vašeho sloupce, tj.:

Id = c.Guid(nullable: false, identity: true, defaultValueSql: "newsequentialid()"),

Zabráníte tak tomu, že se budete muset ručně dotýkat vaší databáze, což, jak jste zdůraznili v komentářích, je něco, čemu se chcete s Code First vyhnout.