Měl jsem úplně stejný problém. Jak jsem si všiml, problém se objevil po sloučení souborů .edmx se Subversion. Při pohledu na soubor .edmx v textovém editoru jsem našel jednu duplicitní položku EntitySetMapping. Po ručním odstranění duplikátu byl problém vyřešen! Doufám, že to pomůže
