MERGE je obecně rychlejší, protože je zde méně operací DML a je to také doporučený přístup z dokumentace. S "tradičním" způsobem zpracováváte tabulky dvakrát - jednou pro kontrolu existence a jednou pro spuštění vašeho DML. S MERGE je vše zapouzdřeno jednou operací – tedy vydána jedna sada zámků, jedna sada protokolování atd. atd.
Je však dosti subjektivní, co vaše dotazy skutečně dělají. Pravděpodobně byste se měli podívat na Optimalizace výkonu příkazu MERGE na MSDN.