Pozdní odpověď, ale může být užitečná pro návštěvníky vlákna
Kromě jiných zmíněných řešení mohu doporučit vyzkoušet ApexSQL Data Diff. Dokáže porovnávat a synchronizovat data databáze SQL Server (v živých databázích i zálohách) a automatizovat a plánovat migrace dat. Pracuje také s obrovskými databázemi a je schopen provádět srovnání přímo z SSMS.
Tento nástroj si můžete stáhnout zdarma a hrát si s ním. Nabízí plně funkční bezplatnou zkušební verzi a nabízí komunitní edici (po uplynutí zkušební doby), která funguje na SQL Express a Azure SQL Database.
Chcete-li se o tomto nástroji dozvědět více, můžete navštívit http://www.apexsql.com/sql_tools_datadiff.aspx