Jak spouštíte SQL?
Samotné SQL nemá časový limit, takže to, co popisujete jako problém, není možné.
Časový limit je vždy řešen na úrovni připojení / připojující aplikaci. SQL Server je rád, že má volání SQL, která trvají hodiny nebo dny.
Pokud tedy neuděláte něco "vtipného" / neobvyklého, dotazy v rámci SP nevyprší - vyprší časový limit spojení, které proceduru volá, a tím se transakce vrátí zpět.