K filtrování regulárních výrazů můžete v rámci cyklu použít úlohu skriptu:http://microsoft-ssis.blogspot.com/2012/04/regex-filter-for-foreach-loop.html
Nebo můžete použít (bezplatný) Enumerátor třetí strany:http://microsoft-ssis.blogspot.com/2012/04/custom-ssis-component-foreach-file.html