Nové verze MySQL WorkBench mají možnost změnit konkrétní časové limity.
Pro mě to bylo pod Upravit → Předvolby → Editor SQL → Časový limit čtení připojení DBMS (v sekundách):600
Hodnota se změnila na 6000.
Také nezaškrtnuté limitní řádky, protože zadávat limit pokaždé, když chci prohledat celý soubor dat, je únavné.