Nemůžete je jednoduše oddělit středníkem?
Delete from messages where messageid = '1';
Delete from usersmessages where messageid = '1'
NEBO
Stačí použít INNER JOIN
jak je uvedeno níže
DELETE messages , usersmessages FROM messages INNER JOIN usersmessages
WHERE messages.messageid= usersmessages.messageid and messages.messageid = '1'