Pro případ, že by to ještě někoho zajímalo:
Měl jsem stejný problém po zkopírování adresáře databáze přímo pomocí příkazu
cp -r /path/to/my/database /var/lib/mysql/new_database
Pokud to uděláte s databází, která používá InnoDB tabulky, dostanete tuto šílenou chybu 'tabulka neexistuje' zmíněnou výše.
Problém je v tom, že potřebujete ib* soubory v kořenovém adresáři MySQL datadir (např. ibdata1 , ib_logfile0 a ib_logfile1 ).
Když jsem je zkopíroval, fungovalo to pro mě.