Taky jsem měl v minulosti stejný problém. Vše se stalo po přesunutí databázových souborů do nového umístění a po aktualizaci mysql serveru. Všechny tabulky s enginem InnoDB zmizely z mé databáze. Snažil jsem se je znovu vytvořit, ale mysql mi řekl 1146: Table 'xxx' doesn't exist celou dobu, dokud jsem znovu nevytvořil svou databázi a nerestartoval službu mysql.
Myslím, že je potřeba si přečíst o binárních souborech tabulky InnoDB.