Měl jsem stejný problém jako v názvu této otázky, takže pro případ, že by někdo jiný na tuto otázku googlel a chtěl spustit MySql v režimu 'skip-grant-tables' ve Windows, tady je to, co jsem udělal.
Zastavte službu MySQL pomocí nástrojů správce, služeb.
Upravte konfigurační soubor my.ini (za předpokladu výchozích cest)
C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\my.ini
nebo pro verzi MySQL>=5.6
C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.6\my.ini
V SEKCI SERVER pod [mysqld] přidejte následující řádek:
skip-grant-tables
takže máte
# SERVER SECTION
# ----------------------------------------------------------------------
#
# The following options will be read by the MySQL Server. Make sure that
# you have installed the server correctly (see above) so it reads this
# file.
#
[mysqld]
skip-grant-tables
Spusťte službu znovu a měli byste být schopni přihlásit se do databáze bez hesla.