Problém je pravděpodobně způsoben tím, že ověřování soketu je standardně povoleno pro uživatele root, když není nastaveno žádné heslo, během upgradu na ubuntu 16.04.
Řešením je vrátit se zpět k ověřování nativním heslem. Můžete to udělat tak, že se přihlásíte do MySQL pomocí soketové autentizace:
sudo mysql -u root
Po přihlášení:
ALTER USER 'root'@'localhost' IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY 'password';
což se vrátí zpět k nativnímu (starému výchozímu) ověřování heslem.
Nyní použijte heslo jako heslo, kdykoli to MySQL vyžaduje.