Narazil jsem na podobný problém a můj problém byl v tom, že se MySQL nainstaloval a nakonfiguroval tak, aby běžel na jiném než výchozím portu. Nevím důvod toho, ale chcete-li zjistit, na kterém portu MySQL běží, spusťte v klientovi MySql následující:
SHOW GLOBAL VARIABLES LIKE 'PORT';