Jak zkrátit tabulku s omezením cizího klíče?

Ano, můžete:

SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0;

TRUNCATE table1;
TRUNCATE table2;

SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 1;

S těmito příkazy riskujete, že do tabulek vpustíte řádky, které nesplňují FOREIGN KEY omezení.