./configure příkaz je součástí procesu kompilace ze zdrojového kódu.
Můžete buď zkompilovat ze zdroje, nebo nainstalovat pomocí správce balíčků. Myslím, že ve vašem případě je vhodnější správce balíčků.
Jak si stěžuje správce balíčků, nemůžete mít oba php-mysql a php-mysqlnd nainstalováno.
Takže můžete
yum remove php-mysql
před
yum install php-mysqlnd
Poté zkontrolujte úspěšnost pomocí
php -m | grep mysqlnd
nebo
php -i | grep mysqlnd