PDO je o něco pomalejší než mysql_*Ale má skvělou přenositelnost. PDO poskytuje jediné rozhraní pro více databází. To znamená, že můžete použít více DB bez použití mysql_query pro mysql, mssql_query pro MS sql atd. Vždy použijte něco jako $db->query("INSERT INTO..."). Bez ohledu na to, jaký DB ovladač používáte.
Takže pro větší nebo přenosné projekty je vhodnější PDO. Dokonce i framework Zend používá PDO.