Měl jsem stejný problém. V mém případě právě spustil níže uvedený příkaz připojený k mé databázi pomocí Workbench:
SET SESSION old_passwords=0;
SET PASSWORD FOR my_user=PASSWORD('my_password');
Poté jsem se mohl připojit pomocí MySql Connector 6.6.5 v kódu c# s běžným připojovacím řetězcem mysql:
"server=my_server_ip;user=my_user;database=my_db;port=3306;password=my_password;"