Váš server MySQL přijímá připojení pouze na *nix socketu (/var/run/mysqld/mysqld.sock, pokud používáte Ubuntu) nebo pouze pro localhost.
Musíte upravit svůj my.cnf (na Ubuntu se opět nachází v /etc/mysql/my.cnf) a změnit následující:
bind-address = 0.0.0.0
A okomentujte následující
#skip-networking
Nakonec restartujte MySQL.
Buďte opatrní, pokud je váš počítač MySQL přístupný z veřejného internetu, bude přijímat připojení od každého!