Tento problém jsem viděl, když datový soubor chybí v datovém adresáři, ale existuje soubor definice tabulky nebo naopak. Pokud používáte innodb_file_per_table, zkontrolujte datový adresář a ujistěte se, že máte oba .frm soubor a soubor .ibd pro danou tabulku. Pokud je to MYISAM, měl by tam být .frm , .MYI a .MYD soubor.
Problém lze obvykle vyřešit ručním odstraněním osamoceného souboru.