Nejlepší věc, kterou můžete udělat, je zahrnout 2 sloupce bez automatického přírůstku do CSV a poté explicitně nastavit sloupec ID na hodnotu NULL v příkazu load data infile.
Něco jako toto:
LOAD DATA INFILE '/tmp/data.csv'
INTO TABLE your_table
FIELDS TERMINATED BY ','
(AField, BField)
SET ID = NULL;