Abychom byli opravdu přímočarí, MySQL je databáze, zatímco JSON není, takže správná odpověď je bez váhání MySQL. JSON je jen jazyk, a to sotva. JSON nebyl nikdy navržen tak, aby zpracovával něco jako souběžná připojení nebo jakoukoli manipulaci s daty, protože jeho vlastní funkcí je reprezentovat data, nikoli spravovat to.
Pro ukládání dat tedy použijte MySQL. Pak byste měli použít nějaký programovací jazyk ke čtení této databáze a odeslat tyto informace jako JSON, spíše než ve skutečnosti cokoliv ukládat do JSON.
Pokud data uložíte do souborů, ať už ve formátu JSON nebo v čemkoli jiném, budete mít nejrůznější problémy, o které se lidé přestali starat od té doby, co se pro totéž začaly používat databáze. Omezení velikosti, zámky, jmenujte se. Je dost dobré, když máte jednoho uživatele, ale ve chvíli, kdy jich přidáte více, začnete řešit tolik problémů, že byste pravděpodobně skončili tak, že byste napsali celý databázový stroj, jen aby za vás spravoval soubory, zatímco mohl jednoduše použít skutečnou databázi.