Jediným způsobem, jak provádět přírůstkové zálohy, je AFAIK pomocí binárního protokolu. Máte další možnosti, pokud chcete provádět úplné zálohy (InnoDB hotcopy), ale inkrementální znamená, že musíte protokolovat všechny provedené transakce.
Musíte si položit otázku, proč data zálohujete. Vzhledem k tomu, že máte slave pro replikaci, předpokládám, že záloha slouží především k vrácení dat v případě náhodného smazání?
Pravděpodobně bych točil protokoly každou 1 hodinu a udělal si jejich zálohu. To znamená, že při obnově zůstanou data stará maximálně 1 hodinu a můžete je obnovit do libovolného bodu v čase od posledního úplného snímku.