Měli jsme stejný problém v produkčním systému s Tomcat6+Hibernate+MySQL (a v našem případě Spring) a jediné spolehlivé řešení, které jsme našli, bylo nastavit časový limit připojení na vysokou hodnotu v konfiguraci MySQL. Nepamatuji si podrobnosti, ale domnívám se, že došlo k problému se základním commons-pool kód, když ověří, že sdružený zdroj je platný.
Další možností, kterou jsme nezkoušeli, bylo použití jiného mechanismu sdružování připojení než DBCP. Další možností je vyzkoušet C3PO