Jak správně používat PHP ke kódování objektu MySQL do JSON?

$data = array();

while ( $row = $result->fetch_assoc() ){
    $data[] = json_encode($row);
}
echo json_encode( $data );

Tohle by mělo stačit. Můžete také použít http://jsonlint.com/ abyste viděli, jaké jsou problémy s vaším výstupem JSON.

Aktualizace: pomocí fetch_all() může být také dobrý nápad

$data = $result->fetch_all( MYSQLI_ASSOC );
echo json_encode( $data );