Můžete se pokusit vytvořit vícesloupcový UNIQUE index se sloupcem_1, sloupcem_2 a aktivním a poté nastavit jako active=NULL pro řádky, kde není vyžadována jedinečnost. Případně můžete použít spouštěče (viz syntaxe spouštěče MySQL) a zkontrolujte u každého vloženého/aktualizovaného řádku, zda takové hodnoty již v tabulce jsou - ale myslím, že by to bylo dost pomalé.