Pokud jste použili tabulky InnoDB, mohli byste nastavit kaskádové mazání s cizími klíči že by to všechno udělalo automaticky. Ale pokud máte nějaký důvod pro používání MyISAM, stačí použít více -tabulka DELETE :
DELETE FROM boards, topics, messages
USING boards INNER JOIN topics INNER JOIN messages
WHERE boards.boardid = $boardid
AND topics.boardid = boards.boardid
AND messages.boardid = boards.boardid;