Jak udělat jedinečné omezení funguje s hodnotou NULL v MySQL

Ne, MySQL dělá správnou věc podle specifikace SQL-99.

https://mariadb.com/kb/en/sql- 99/constraint_type-unique-constraint/

Pokud používáte omezení UNIQUE, ale nechcete více řádků s hodnotou NULL, deklarujte sloupce jako NOT NULL a zakázat jakékoli řádek nemá hodnotu NULL.