Měl jsem stejnou chybu, když jsem omylem snížil verzi MySQL z 8 na 5.7. Při prvním spuštění starší verze něco pokazila, takže verze 8 ukazovala výše uvedenou chybu. V mém případě jsem musel nejprve zadat kontejner dockeru, kde běžela MySQL
docker exec -it mysql bash
Pak jsem v podstatě postupoval podle kroků zde
mysql -u root -p
mysql> SET GLOBAL innodb_fast_shutdown = 1;
mysql_upgrade -u root -p
Trvalo to několik minut, ale pak vše opět fungovalo.