Odpověď se ukázala jako velmi jednoduchá. Spring Boot má vlastnost oddělovače DataSource, kterou lze nastavit v souboru application.properties:
spring.datasource.separator=^;
Potom v souboru schema.sql všechny ;
příkazy, které nejsou v uložené proceduře, je třeba aktualizovat pomocí nového oddělovače.
DROP PROCEDURE IF EXISTS `database`.FOO;
CREATE PROCEDURE `database`.FOO()
BEGIN
SELECT * from `database`.employees;
END ^;