Můžete to takto zabalit do poddotazu. Problém je v tom, že MySQL nemůže aktualizovat řádky, na které se také dotazuje. To způsobí, že MySQL bude implicitně používat dočasnou tabulku k ukládání ID, která chcete odstranit.
DELETE FROM tasks
WHERE tasks.id IN
(
SELECT id FROM
(
SELECT tasks.id
FROM tasks
JOIN deadlines ON deadlines.id = deadline_id
WHERE DATE_ADD(tasks.created_at, INTERVAL deadlines.duration DAY) <= NOW()
) AS taskstodelete
)