Máte velký problém...
Ve výchozím nastavení obsahuje ibdata1 všechna data tabulky (a proto je ztracena). I když jej nakonfigurujete tak, aby používal samostatný soubor pro každou tabulku, všechna interní data MySQL jsou uložena v tomto souboru, a pokud vím, neexistuje způsob, jak je obnovit.
Opravdu doufám, že máte zálohu....